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1、IsoSeq analysis and functional annotation of the infratentorial ependymoma tumor tissue on PacBio RSII platform.Meta Gene. (2015)

 

研究对象:infratentorial ependymoma tumor tissue(人幕下室管膜肿瘤组织)

研究方法:

(1) 测序由PicBio RS平台的8-well-SMART Cell v3 完成;构建1-2Kbshotgun文库,采用PicBio RSIso-Seq Protocol测序;

(2) 分析唯一比对序列得到2952nr protein数据库的蛋白接收号(protein accession)以及307KEGG数据库的通路(pathway)信息;还分析了可变剪接的2-3GO terms

主要研究结果:

获得577Mb的数据,119313条高质量reads,组装成19878contigs

比较的可变剪接数据,确定4第二级和12个第三级的转录组簇IDs,以预测癌症主要印记的重要通路;

发现大脑的特殊基因,PNMTSNNLAMB1与室管膜瘤有关。


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