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2017基因组解析物种汇总分享

2017基因组解析物种汇总分享


物种的基因组测序关系着该物种的后续研究进程,物种的基因组测序进展也一直备受科研工作者关注。

为了让方便大家更及时的了解目前已解析的物种信息,小编儿在这里先把2017年已发表的几个物种信息理一下,这是一个长期的任务,后续编儿会不断更新今年的最新进展,也会陆续补齐前几年的成果研究,请持续关注哦~

1

物种

加拿大海狸 Castor canadensis

发表时间

2017.01.13

杂志

G3: Genes, Genomes, Genetics

IF

3.198

组装结果

基因组大小:2.486 Gb

Contig N50 = 278.68 Kb

Scaffold N50 = 317.558 Kb   

测序策略

三代单分子测序为主,二代辅助,转录组数据补充验证:

★ PacBio  RS II平台:20 Kb SMRTbell 文库,测序80个SMRT cells, P6-C4试剂,测序深度约30×,reads 平均长度14.4 Kb;

★ Illumina HiSeq X Ten平台:PE 150,300-400 bp插入片段文库,测序80×。

【点击查看】加拿大海狸基因组组装解析

2


物种

果蝇 Drosophila serrata

发表时间

2017.01.30

杂志

G3: Genes, Genomes, Genetics

IF

3.198

组装结果

基因组大小:198 Mb

contig N50 = 950 Kb

测序策略

★ PacBio RS II平台,P6-C4试剂,测序11个SMRT cells,产生12 Gb原始测序数据,获得接近65×的测序深度。

【点击查看】NGS眼中的“功夫小蝇” ——果蝇基因组高通量测序研究盘点

3



物种

土瓶草 Cephalotus follicularis    

发表时间

2017.02.06

杂志

Natrue Ecology&Evolution

IF

--

组装结果

基因组大小:2.11 Gb

Contig N50 = 99 Kb

Scaffold N50 = 287 Kb

测序策略

★ illumina Hiseq 2000平台:170 bp-20 Kb文库,测序深度144×,获得305 Gb数据;

★ PacBio RS平台:测序8.1×,获得17 Gb数据。

4


物种

节节麦 Aegilops tauschii

发表时间

2017.02.07

杂志

Genome Research

IF

13.9

组装结果

基因组大小:4.338 Gb

53,560 scaffolds (N50 = 521.653 Kb)

contig N50 = 486.807 Kb

测序策略

★ Illumina HiSeq 2500:PE 200,测序93.2×;

★ Illumina MiSeq:PE 250,测序83.6×;

★ PacBio SMRT: P6-C4试剂,测序38.5x。

5

物种

藜麦 Chenopodium quinoa

发表时间

2017.02.08

杂志

Natrue

IF

41.45

组装结果

基因组大小:1.39 Gb

3,486 scaffolds( N50 = 3840 Kb)

测序策略

三代SMRT技术及光学BioNano并结合Chicago 技术进行组装:

取自异源四倍体藜麦的单一植株的叶和花组织

★ PacBio RS II平台,P6-C4 试剂,~ 20 Kb SMRTbell 文库测100 SMRT cells;

★ Chicago 技术:llumina HiSeq 2500。

两个藜麦祖先基因二倍体材料(A基因组:C. pallidicaule 、B基因组:C. Suecicum):

★ llumina HiSeq平台:PE 180,3 Kb和6 Kb mate pair文库,2 ×100-bp reads;

★ 基因组组装结合了BioNano和连锁图谱。

【点击查看】Nature:SMRT+BioNano+Chicago 组装异源四倍体藜麦基因组

PAG XXV会讯瑞典自然历史博物馆研究人员目前正在完成三个犀牛物种基因组的组装,以解读犀牛的进化关系和生物学,希望能拯救这些濒危的动物。



黑犀牛

Diceros bicornis):

Illumina HiSeq X和HiSeq 2500测序平台,并利用一些不同的策略进行de novo组装。在不断改善基因组后,他们计划对另外20只黑犀牛的基因组进行重测序,以便了解黑犀牛的多样性、局部适应等。


苏门答腊犀牛

Dicerorhinus sumatrensis):

利用HiSeq 2500系统对一只雄性的苏门答腊犀牛的基因组DNA进行测序,并利用三种方法开展基因组组装。苏门答腊犀牛目前仅剩50-100头。他们计划对20头苏门答腊犀牛的基因组以及一些历史样本进行重测序,以便梳理遗传变异的改变,为未来的保护工作提供信息。

披毛犀

Coelodonta antiquitatis):

测序平均覆盖度大约为3倍。披毛犀已灭绝28,500年,之前的研究表明,苏门答腊犀牛是披毛犀的近亲。披毛犀的基因组利于研究人员更好地了解灭绝的时间以及现有犀牛物种的分歧时间。

原文检索

[1] De novo genome and transcriptome assembly of the Canadian beaver (Castor canadensis).

[2] Single-molecule sequencing of the Drosophila serrata genome.

[3] Genome of the pitcher plant Cephalotus reveals genetic changes associated with carnivory.

[4] Hybrid assembly of the large and highly repetitive genome of Aegilops tauschii, a progenitor of bread wheat, with the MaSuRCA mega-reads algorithm.

[5] The genome of Chenopodium quinoa.

全基因组de novo测序是对没有参考基因组序列或者是不依赖于已有的参考基因组序列的物种进行基因组测序及组装,最终得到该物种的基因组序列。

PacBio RS II平台全基因组de novo测序

采用三代平台PacBio RS II为主开展动植物全基因组测序,建议PacBio RS II长reads测序深度不低于50×,一方面是保证有足够的高质量长reads测序数据;另一方面是保证能够采用最优的软件拼接获得高质量的组装结果,如HGAP软件拼接时则建议测序深度不低于50×。

 ● 测序咨询,联系我们  

 E : info@macrogencn.com

 T : 0755-27388725

 W : www.macrogencn.com

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