• 产品优势
  • 研究方案
  • 研究案例
  • 参考文献

全基因组de novo测序是对没有参考基因组序列或者是不依赖于已有的参考基因组序列的物种进行基因组测序及组装,最终得到该物种的基因组序列。一个物种的全基因组序列是揭示该物种生命本质的基本依据和重要线索,对重要功能基因的挖掘、遗传育种及进化研究具有重要意义。随着高通量测序技术的不断发展,越来越多物种的基因组序列已得到解析。

 

产品优势:

1. 长读长能够更好地跨越基因组高重复序列、转座子区域以及大的拷贝数变异区域和结构变异区,从而实现对高杂合及高重复基因组的完美

     组装;

2. 更长的Contig N50/Scaffold N50/AssemblyContig N50提高200%

3. 更少的ContigsScaffolds数量,Contigs数量减少50%

4. 更全面的基因组结构信息、功能基因信息等。

 

结果展示:

如下为千年基因完成的某高杂合昆虫基因组de novo测序结果,可见原始数据和subreads数据产出均可稳定在1Gb/Cell以上,subreads平均长度可稳定在8Kb左右,有利于基因组拼接获得更长的Contigs

 

1. 原始数据产出

 

Cell Name

Filter

Polymerase Read Bases

Polymerase Reads

Polymerase Read N50

Polymerase Read Length

Polymerase Read Quality

1

Pre-Filter

1,258,042,933

150,292

15,927

8,370

0.586

Post-Filter

1,218,199,242

102,777

16,031

11,852

0.831

2

Pre-Filter

1,291,844,918

150,292

16,389

8,595

0.592

Post-Filter

1,242,215,613

103,136

16,507

12,044

0.833

3

Pre-Filter

1,338,509,455

150,292

16,252

8,906

0.615

Post-Filter

1,284,244,611

107,042

16,374

11,997

0.834

4

Pre-Filter

1,246,603,366

150,292

16,179

8,294

0.569

Post-Filter

1,212,426,685

99,908

16,289

12,135

0.829

 

2. sbureads数据产出

 

Cell Name

Subread Bases

Subreads

Avg. Subread length

1

1,216,208,739

142,387

8,541

2

1,240,251,777

141,712

8,751

3

1,282,216,678

146,746

8,737

4

1,210,465,949

138,614

8,732

   

 

1. 原始数据质量统计

 

2. Subreads数据长度分布图


Powered by CloudDream